根據多年野外調查和數據整理，在堵河源自然保護區的2539種高等植物中，有列入1999年國務院批準公布的《國家重點保護野生植物名錄》（第一批）的國家重點保護野生植物26種，其中一級保護5種，二級保護21種；有國家林業局公布的《國家珍貴植物名錄》的國家珍貴植物22種，有被列入1991國家環保局與中科院植物研究所合著的《中國植物紅皮書》的珍稀瀕危植物39種。這些植物構成了堵河源自然保護區的珍稀植物種群。下面就植物在保護區的分布現狀作一簡要介紹，以便在今后保護管理工作中引起重視，有重點的實施科學管理，
1.列入國家重點保護野生植物名錄（第一批）的珍稀植物
1.1 國家一級重點保護野生植物
1.1.1 珙桐（Davidia involucratae）：在堵河源高峰、龍石坪、屏峰等地海拔1500-2100m的山坡、溝谷地帶零星分布。
1.1.2 光葉珙桐（Davidia involucrata var. vilmoriniana）：在堵河源高峰、龍石坪、順水坪、火田灣、長村壩、大灣、屏峰、三村河等地海拔1500-2100m的山坡、溝谷地帶都有群落分布，在海拔900m的豬槽溝也有零星分布。
1.1.3 南方紅豆杉（Taxus chinensis var.mairei）：在堵河源高峰、龍石坪、順水坪、火田灣、長村壩、墨池、屏峰等地海拔1000-2000m的山坡、溝谷地帶都有群落分布。
1.1.4 紅豆杉（Taxus chinensis）：生于海拔1000-2000m的山坡、溝谷地帶，在堵河源高峰、龍石坪、順水坪、長村壩、墨池、屏峰有群落分布，在火田灣、百里河廟坪有零星分布。
1.1.5銀杏（Ginkgo biloba）：中生代孑遺植物，被譽為“活化石”。在百里河海拔1200m的山坡，墨池海拔900m、1400m的山坡生長有5株。其中3株胸徑1m以上，高度18m以上。
1.2國家二級重點保護野生植物
1.2.1 香果樹（Emmenopterys henryi）：生于海拔900-1300m的山坡、溝谷地帶，在堵河源高峰、順水坪等地都有群落分布，在百里河羚羊有零星分布。
1.2.2 大果青杄（Picea neoveitchii）：在堵河源高峰槍刀山海拔1600-2200m的山坡上部有群落分布，分布范圍十分狹窄。
1.2.3 連香樹（Cercidiphyllum japonicum）：生于海拔900-2000m的山坡、溝谷地帶，在堵河源長村壩有群落分布，在高峰、龍石坪、順水坪、墨池、大灣、屏峰有零星分布。
1.2.4 鵝掌楸（Liriodendron chinense）：在堵河源高峰、順水坪、長村壩、大灣、屏峰等地海拔1100-1600m的山坡、溝谷地帶都有零星分布。
1.2.5 水青樹（Tetracentron sinensis）：生于海拔1100-2000m的山坡、溝谷地帶，在堵河源高峰有群落分布，在龍石坪、順水坪、火田灣、長村壩、大灣、屏峰都有零星分布。
1.2.6 黃杉（Pseudotsugu sinensis）：在堵河源龍石坪、長村壩、大灣、民主、百里河等地海拔1000-1500m的山坡、溝谷地帶都有零星分布。
1.2.7 秦嶺冷杉（Abies chensiensis）：在堵河源高峰槍刀山、順水坪木桶扒海拔1600-2400m的山坡中上部有零星分布。
1.2.8 楨楠（Phoebe zhennan）：在堵河源高峰、順水坪海拔900-1400m的溝谷林中有零星分布。
1.2.9 紅豆樹（Ormosia hosiei）：在堵河源桃園、桑坪、柳河、天臺、白河等地海拔500-800m的山坡林中有零星分布。
1.2.10 厚樸（Magnolia officinalis）：在堵河源高峰、龍石坪、順水坪、長村壩、大灣、月日埡、四方扒、屏峰、百里河等地海拔800-1800m的山坡林中有零星分布。
1.2.11 紅椿（Toona ciliata）：在堵河源高峰、龍石坪、順水坪、長村壩、大灣、月日埡、四方扒、屏峰、花坪等地海拔800-1600m的山坡、溝谷林中有零星分布。
1.2.12 櫸樹（Zelkova schneideriana）：生于海拔800-1500m的山坡林中，在堵河源桃園有群落分布，在墨池、民主、洪坪、四方扒、屏峰、公祖、花坪、白河、天臺、柳河、百里河有零星分布。
1.2.13 凹葉厚樸（Magnolia. officinalis subsp. biloba）：在堵河源墨池、民主、屏峰等地海拔800-1400m的山坡林中有零星分布。
1.2.14 野大豆（Glycine soja）：在堵河源墨池、民主、洪坪、屏峰、公祖、花坪、白河、天臺、柳河、百里河等地海拔400-1100m的溝谷林中有群落分布。
1.2.15 巴山榧樹（Torreya fargesii）：生于海拔500-1500m的溝谷與山坡林中，在堵河源墨池、民主有群落分布，在洪坪、屏峰、公祖、花坪、白河、天臺、柳河、百里河有零星分布。
1.2.16 黃皮樹（Phellodendron chinense）：在堵河源墨池、民主、洪坪、四方扒、屏峰、公祖、花坪、白河、天臺、柳河、百里河等地海拔1000-1800m的山坡林中有零星分布。
1.2.17 毛紅椿（Toona ciliata Roem.var. pubescena）：在堵河源墨池、屏峰等地海拔400-800m的山坡林中有零星分布。
1.2.18 金蕎麥（Fagopyrum dibotrys）：在堵河源民主、洪坪、屏峰、公祖、花坪、白河、天臺、柳河、百里河等地海拔500-1000m的溝邊、林緣有群落分布。
1.2.19 樟樹（Cinnamomum camphora）：在堵河源墨池、民主、洪坪、屏峰、公祖、花坪、白河、天臺、柳河、百里河等地海拔500-1200m的溝邊、林緣有零星分布。
1.2.20 喜樹（Camptotheca acuminata）：在堵河源墨池、屏峰、百里河等地海拔900-1200m的山坡林中有零星分布。
1.2.21 崖白菜（Triaenophora rupestris）：在堵河源白河、柳河、天臺、百里河等地海拔1000-1400m的山崖上有零星分布。
2.列入國家珍貴植物名錄的珍稀植物
除已于前述的珙桐、光葉珙桐、南方紅豆杉、銀杏、香果樹5種一級珍貴植物，大果青杄、連香樹、鵝掌楸、水青樹、黃杉、秦嶺冷杉、楨楠、紅豆樹、厚樸、紅椿、櫸樹11種二級珍貴植物外。還有以下6種二級珍貴植物：
2.1 杜仲（Eucommia ulmoiades）：在堵河源墨池、民主、洪坪、四方扒、屏峰、公祖、花坪、白河、天臺、柳河、桃園、百里河等地海拔600-1200m的山坡林中有零星分布。
2.2 野茶樹（Camellia sinensis）：在堵河源墨池、民主、屏峰、柳河、百里河等地海拔400-700m的山坡林中有零星分布。
2.3 麥吊云杉（Picea brachytyla）：在堵河源墨池、屏峰等地海拔1500-1900m的山坡林中有零星分布。
2.4 胡桃楸（Juglans mandshurica）：在堵河源民主、洪坪、屏峰、柳河、百里河等地海拔600-1200m的山坡林中有零星分布。
2.5 椴樹（Tilia tuan）：生于海拔1100-1500m的山坡林中，在堵河源墨池、屏峰有群落分布，在民主、四方扒、柳河、百里河有零星分布。
2.6 刺楸（Kalopanax septemlobus）：在堵河源墨池、民主、四方扒、屏峰、柳河、百里河等地海拔1100-1600m的山坡林中有零星分布。
3.列入《中國植物紅皮書》的珍稀植物
除已于前述的大果青杄、珙桐、光葉珙桐、銀杏、香果樹、連香樹、鵝掌楸、水青樹、杜仲、野茶、黃杉、秦嶺冷杉、楨楠、紅豆樹、厚樸、紅椿、凹葉厚樸、野大豆、麥吊云杉、胡桃楸20種以外，還有以下19種：
3.1 小勾兒茶（Berchemiella wilsonii）：在堵河源豬槽溝海拔900-1200m的山坡林緣有零星分布。
3.2 青檀（Pteroceltis tatarinowii）：生于海拔600-1300m的溝谷林中，在堵河源花坪、白河、柳河有群落分布，在墨池、民主、洪坪、屏峰、公祖、天臺、桃園、百里河、新街有零星分布。
3.3 山白樹（Sinowilsonia henryi）：在堵河源民主、屏峰、等地海拔800-1200m的溝谷、林緣有零星分布。
3.4 獨花蘭（Changnienia amoena）：在堵河源高峰、順水坪、屏峰等地海拔1600-2400m的溝谷林中有零星分布。
3.5 領春木（Euptelea pleiosperma）：生于海拔1100-2000m的溝谷、山坡林中、灌叢中，在堵河源高峰、順水坪、長村壩、屏峰有群落分布，在民主、四方扒、百里河有零星分布。
3.6 猬實（Kolkwitzia amabilis）：在堵河源民主、洪坪、屏峰、公祖、花坪、白河、天臺、柳河、桃園、百里河等地海拔700-1400m的山地陽坡灌叢有零星分布。
3.7 金錢槭（Dipteronia sinensis）：生于海拔700-1600m的山地陽坡灌叢中，在堵河源墨池、屏峰有群落分布，在民主、公祖、花坪、柳河、百里河有零星分布。
3.8 銀鵲樹（Tapiscia sinensis）：在堵河源墨池、屏峰、民主、百里河等地海拔900-1600m的山地陽坡灌叢有零星分布。
3.9 穗花杉（Amentotaxus argotaenia）：在堵河源大灣等地海拔600-800m的溝谷林中有群落分布。
3.10 八角蓮（Dysosma versipellis）：生于海拔1000-2200m的溝谷林中，在堵河源墨池、民主、四方扒、屏峰、柳河、百里河有群落分布。
3.11 白辛樹（Pterostyrax psilophylla）：在堵河源墨池、民主、四方扒、屏峰等地海拔1000-1900m的山坡林中有零星分布。
3.12 紫莖（Stewartia sinensis）：生于海拔1400-1900m的山坡林中，在堵河源墨池有群落分布，在民主、四方扒、屏峰、百里河有零星分布。
3.13 長瓣短柱茶（Camllia grijsii）：生于海拔600-900m的山坡林中，在堵河源百里河、柳河有群落分布，在民主、洪坪、屏峰、公祖、花坪、白河、天臺、桃園、新街有零星分布。
3.14 延齡草（Trillium tschonoskii）：在堵河源墨池、民主、四方扒、屏峰、百里河等地海拔1200-2200m的山坡林中有零星分布。
3.15 華榛（Corylus chinensis）：在堵河源墨池、民主、四方扒、屏峰、百里河等地海拔1100-1600m的山坡林中有零星分布。
3.16 天麻（Gastrodia elata）：在堵河源墨池、民主、洪坪、四方扒、屏峰、花坪、白河、柳河、百里河等地海拔800-1600m的山坡林中有零星分布。
3.17 黃連（Coptis chinensis）：生于海拔1100-2000m的山坡林中，在堵河源墨池、屏峰有群落分布，在民主、洪坪、四方扒、花坪、白河、柳河、百里河有零星分布。
3.18 紫斑牡丹（Paeonia suffruticosa var. papaveracea）：在堵河源民主、屏峰、花坪、白河等地海拔1200-1600m的山坡林中有零星分布。
3.19 核桃（Juglans regia）：在堵河源墨池、民主、四方扒、屏峰、花坪、白河、柳河、百里河等地海拔800-1200m的山坡林中有零星分布。（鄭德國）
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